Η Μονή πήρε την ονομασία της από τη Μεσαιωνική πόλη, Κερνίτσα, που βρισκόταν Νοτιοδυτικά του Μοναστηριού στην οροσειρά του Αργυρόκαστρου, βορειοδυτικά της Βυτίνας.

Το Μοναστήρι «ζει» περίπου 10 αιώνες και θεωρείται το αρχαιότερο της Αρκαδίας και από τα παλιά της Ελλάδας. Σύμφωνα με τη γραπτή παράδοση, κτήτορες της Μονής ήταν οι Πετζοκολαίοι που κατάγονταν από την Κερνίτσα.

Από το 1680 και μετά, στο Μοναστήρι λειτούργησε Κρυφό Σχολειό είχε κατώτερο σχολείο, μέση και ανώτερη Σχολή. Το 1710, το Κρυφό Σχολειό μεταφέρθηκε στη Βυτίνα.

Αρχικά, επρόκειτο για Ανδρική Μονή. Με την πάροδο των ετών, όμως, η Μονή ερήμωσε και, με βασιλικό διάταγμα στις 3/2.1940, μετατράπηκε σε Γυναικεία.

Στον περίβολο της Μονής είναι χτισμένος ο Ναός της «Παναγίας της Κερνίτσας».

Βρίσκεται στην κεφαλή του βράχου της Κερνίτσας και γιορτάζει στις 15 Αυγούστου. Κάτω από το συγκεκριμένο Ναό υπάρχει μια σπηλιά -που λειτουργούσε σαν ασκητήρι- κι εκεί βρέθηκε η Εικόνα της Παναγίας! Αργότερα εκεί χτίστηκε ένα εκκλησάκι που έγινε παρεκλήσι της Μονής. Στο εσωτερικό του Μοναστηριού διατηρούνται Λειψανοθήκες με οστά και λείψανα Αγίων και Μαρτύρων.

Ναοί υπάρχουν και έξω από το Μοναστήρι: Περίπου 100 μέτρα δυτικά της Μονής βρίσκεται ο Ναός του Τιμίου Προδρόμου που εγκαινιάστηκε το 1968 από το Σεβ. Μητροπολίτη Γόρτυνος και Μεγαλοπόλεως Θεόφιλο. Στα νότια της Μονής βρίσκεται ο Ναός των Ταξιαρχών που λειτουργεί σαν εξομολογητήριο. Τέλος, στη θέση του Μητροπολιτικού Ναού της Κερνίτσας και στα ερείπια του, χτίστηκε ο Ναός του Αγίου Νικολάου.

Η Ιερά Μονή Κερνίτσας έχει, υπό την επίβλεψή της, και τα Μετόχια: Πρώτο, τη Μονή των Αγίων Θεοδώρων που βρίσκεται στο Πυργάκι, στο κέντρο της Πελοποννήσου.

Το συγκεκριμένο Μοναστήρι ιδρύθηκε από τους Παλαιολόγους το 14ο αιώνα και έγινε οριστικά μετόχι της Κερνίτσας το 1925.

Δεύτερο, το παλαιομονάστηρο, ένα παλαιό ασκηταριό με το όνομα «Σφυρίδα». Απέχει μιάμιση περίπου ώρα από τη Μονή Κερνίτσας και γιορτάζει την Κοίμηση της Θεοτόκου στις 23 Αυγούστου.

Η Μονή δέχεται μόνο προσκυνητές παρόλα αυτά διατηρεί δύο Ξενώνες και μπορεί να φιλοξενήσει 50-60 άτομα. Χαρακτηριστικό είναι πως, η Θεία λειτουργία, τελείται πάντα νύχτα!